ЦНДЛ розміщена в адміністративному корпусі ХМАПО в приміщеннях загальною площею 350 м2, де проводяться клініко-діагностичні, біохімічні, імунологічні, морфологічні, цитохімічні та екологічні дослідження за рядом методик, які не проводяться в лабораторіях інших лікувальних та наукових установ. Крім того до структури ЦНДЛ відноситься віварій з загальною площею 1890 м2, який знаходиться в окремій будівлі.

      На даний час в розпорядженні ЦНДЛ знаходиться доступ до мережі Інтернету, сучасна обчислювальна техніка, імуноферментні аналізатори, спектрофотометри, фотометри, гемокоагулометр, високоскоросні охолоджуючі центрифуги, водяні та гліцеринові бані та ін.

      Лабораторія має санний та заморожуючий мікротоми, а також інше додаткове обладнання, яке дозволяє проводити загальні та спеціальні гістологічні методики. Дослідження та документування гістологічних препаратів проводиться за допомогою мікроскопів, цифрових фото- та відеокамер.